התאגדות עובדי האוניברסיטה, המכונה גם "ועד העובדים" הוא הגוף המייצג בפני ההנהלה, את העובדים המינהליים והטכניים, בעניינים שוטפים, כלליים ואישיים הנוגעים לתנאי עבודתם.

כן משמש ועד העובדים,  בא כח מוסמך של ההסתדרות החדשה במקרים של סכסוכי עבודה. ההתאגדות מסונפת להסתדרות החדשה ופועלת תחת מרותה המלאה בהתאם לחוקת ההסתדרות. ועד העובדים מגן על זכויות העובדים לפי החוק, מקפיד על מימוש זכויותיהם המעוגנות בהסכמי עבודה חתומים, קיבוציים ומקומיים וכן הוא משקיע מאמצים רבים לפעולות תרבות ורווחה לעובדים, לבני משפחותיהם ולעובדים שפרשו לגמלאות.

 

חברי ועד העובדים, הינם עובדי האוניברסיטה במחלקות השונות, אשר נבחרים , אחת לשלוש שנים, לכהן בועד העובדים, ועושים את עבודתם בהתנדבות להטבת תנאי עבודתם של העובדים תוך שמירה על ביצוע חוקת העבודה, הנהלים והסכמי העבודה.

​

ועד העובדים של הפקולטה לחקלאות, מזון וסביבה בקמפוס ברחובות מהווה יחידת מיקוח נפרדת מועד העובדים של האוניברסיטה העברית אך עובד בשיתוף פעולה מלא עם מועצת העובדים בירושלים והיו"ר המכהנת הגב' ורדית ארז.
 

בוועד העובדים חברים 7 נציגים המייצגים את החטיבות השונות : עובדי מינהל (אחיד) , מח"ר וספרנים, טכנאים והנדסאים, מהנדסים, ביוכ-מיקרו' ועובדי מעבדה. בראש הוועד עומדת יו"ר הוועד, אשר נבחרת על ידי חברי הוועד. כמו כן מתוך הוועד נבחרות הועדות השונות.

 

ועד העובדים דן בכל הבעיות העקרוניות הנוגעות להתאגדות ומוסדותיה –

* הבטחת ביצועה המלא והיעיל של חוקת העבודה, הסכם הפנסיה והסכמים נוספים הקשורים לעובדי האוניברסיטה העברית.

* הבטחת ביצועם של הסכמי השכר הארציים של ההסתדרויות המקצועיות השונות.

* דאגה לקידומם המקצועי של חברי ההתאגדות.

* שיפור תנאי עבודתם של חברי ההתאגדות.

* פיתוח פעולות תרבותיות, כלכליות וחברתיות בין חברי ההתאגדות.

* ייזום , ארגון וביצוע פעולות רווחה בין חברי ההתאגדות.

* שמירה על זכויות וחובות של כל חבר התאגדות.

* שמירה על שלמותה של ההתאגדות.

* שותפות עם מועצת העובדים בירושלים בגיבוש המדיניות המוסדית.

* שותפות עם מועצת העובדים בגיבוש עקרונות בנושאים למו"מ לקראת חתימת הסכם עבודה.

 

הוועד מוסמך להחליט על נקיטת צעדים ארגוניים .

הוועד מתווה קווי פעולה מנחים לפעילות ועד העובדים.

הועד קובע ומאשר את תקציבו לפעולות השונות של ההתאגדות.